열두 살 후코는 여름방학이 시작될 무렵 동갑내기 사촌이 보내온 편지 한 장을 받고 외할아버지 댁으로 간다. 처음으로 혼자 떠나는 여행과 미지의 생활에 대한 두근거림으로 이야기는 시작된다. 후코는 할아버지 댁 계단에 붙어있는 문을 발견하고 뭔가 불온한 느낌에 빠진다. 회중시계 소리가 들리더니 그것이 시계꽃으로 변하고, 정원으로 연결된 문이 열린다. 현실에 존재하지 않는 세계를 경험한 후코는 그곳이 바로 사라진 할머니와 관계있다는 것을 알게 되고, 수수께끼 같은 사건을 파헤친다. 그 속에서 신비한 마술사의 존재도 드러난다. 사라진 할머니가 정원에 살아있을 것이라 생각하며 할머니와 마술사의 행방을 찾는 긴박감이 있다.