메리는 부모의 정을 모른 채 유모에게 맡겨져 자라며 하인들 시중만 받고 살아서 심술궂고 제멋대로다. 부모를 잃고 고모부 댁으로 온 뒤, 하녀들이 해주던 일을 자기 손으로 하고 붉은가슴울새, 어린 여우, 까마귀를 마음의 친구로 얻는다. 하녀 마사의 동생 디콘은 정원일을 잘 알고 동물들과도 친할 줄 안다. 메리는 디콘의 도움을 받아 오랫동안 출입이 금지된 뜰을 가꾸며 난생 처음 가슴 깊은 곳에서 우러나오는 기쁨을 맛본다. 병약해서 항상 방에 누워 지내던 사촌 콜린도 메리의 손에 이끌려 비밀의 뜰로 나오고 스스로 살려는 의지가 샘솟는다. 버려진 뜰이 아름답고 무성하게 되살아나는 속에서 메리와 콜린이 생기를 되찾고 밝게 변해가는 모습을 감동적으로 그렸다.